Overordnede kursusmål
Kurset er en introduktion til modellering i biologien, med fokus på statistiske og dynamiske modeller. Det omfatter enkle statistiske analyser, opstilling og analyse af differentialligninger med udgangspunkt i biologien, numerisk analyse i R, og enkle metoder til estimation af parametre i disse modeller ud fra observerede tidsrækker.
Kursusindhold
Kurset giver en introduktion til R og modellering af biologiske systemer. Fokus er på den praktiske brug af R. Vi starter med installation og setup af R og gennemgår den basale brug af R til beregning, indlæsning og manipulation af data, grafisk illustration af data og funktioner, samt simulationer simple analyser. Hvert trin vil blive trænet via øvelser. De biologiske modeller vil blive introduceret og R vil blive brugt til at løse, illustrere og studere disse modeller.
Kurset er opdelt i to dele. Første del omhandler brugen af R og simple statistiske analyser. Anden del definerer og studerer almindelige differentialligninger som anvendes til at beskrive biologiske systemer. Hver del afsluttes med en individuel afleveringsopgave. Den afsluttende karakter baseres på en samlet vurdering af de to opgaver.
Learning outcomes
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Installere, indlæse og anvende basale faciliteter i statistikprogrammet R;
- Foretage elementære statistiske analyser i R, inklusiv indlæsning af data, beregning af statistikker, og præsentation af resultater
- Anvende R til at simulere stokastiske eksperimenter, der omfatter diskrete og kontinuerte variable,
- Skrive simple programmer i R
- Beskrive almindelige differentialligninger i biologien, såsom eksponential og logistisk vækst og von Bertalanffy vækst
- Løse skalære differentialligningsmodeller fra biologien numerisk v.h.a. R
- Tilpasse differentligningsmodeller til observerede tidsrækker ved at kalibrere parametre med hånden
- Estimere parametre i differentialligningsmodeller udfra tidsrækker v.h.a. mindste kvadraters metode.
Files/Documents
ISCED Categories
